ПЦР тесты – порог безумия.

Статья, перевод которой мы публикуем, в полном объеме была опубликована в США в журнале Нью Йорк Таймз 29 августа 2020 года. Дискуссия и мысли по представленной информации будут публиковаться ниже.

Прежде, чем читатель начнет чтение данной публикации, напомним, что не существует никаких научных данных, которые демонстрировали бы существование  к-вируса. То есть вирус никогда не был выделен и изучен в чистой среде. Соответственно, пока это не случилось, опасность или не опасность для человека не может быть установлена. И следовательно, если науке не известны характеристики так называемого ПЦР теста, то тест на к-вирус не может быть адекватным тестом в принципе.

Мы публикуем эту статью только для того, чтобы продемонстрировать проблемы с ПЦР тестами и мнение тех, кто имеет с ними дело на регулярной основе. О существовании проблем, освещенных в статье, было известно уже давно, еще в апреле д-р Кауфман опубликовал свой видео доклад о не состоятельности ПЦР тестов, но сейчас озабоченность ими выходит на новый уровень.

Если Ваш тест на к-вирус положительный, то может быть, он должен быть отрицательным.

Обычные диагностические тесты могут быть слишком чувствительными и слишком медленными, чтобы сдержать распространение вируса.

Тесты, одобренные FDA, дают ответ на инфекцию только в формате да-нет и позволяют идентифицировать пациентов с низким содержанием вируса в организме как положительных.

Некоторые из ведущих национальных экспертов в области общественного здравоохранения выражают новую озабоченность в бесконечных дебатах по поводу тестов на к-вирус в Соединенных Штатах: стандартные тесты диагностируют огромное количество людей, которые могут быть носителями относительно незначительного количества вируса.

Большинство из этих людей вряд ли могут быть заразными, и их идентификация может способствовать повышенной загруженности лабораторий, которые не позволяют вовремя обнаружить тех, кто заразен. Но исследователи говорят, что решение состоит не в том, чтобы проводить меньше тестов или пропускать тестирование людей без симптомов, как недавно предложили Центры по контролю и профилактике заболеваний.

Напротив, новые данные подчеркивают необходимость более широкого использования экспресс-тестов, даже если они менее чувствительны.

Решение не тестировать бессимптомных людей шаг назад, – сказал д-р Майкл Мина, эпидемиолог Гарвардской школы общественного здравоохранения им. Т. Чана, ссылаясь на рекомендацию CDC.

Фактически, мы должны расширить тестирование людей, – сказал он, – но мы должны делать это с помощью совершенно других механизмов.

В качестве возможного шага в этом направлении, администрация Трампа объявила в четверг о закупки 150,000,000 экспресс-тестов.

Наиболее широко используемый диагностический тест на новый к-вирус, называемый Полимераз цепная реакция (ПЦР) тест, дает простой ответ да-нет на вопрос, инфицирован ли пациент.

Но аналогичные ПЦР тесты для других вирусов дают некоторое представление о том, насколько заразным может быть инфицированный пациент: результаты могут включать приблизительную оценку количества вируса в организме пациента.

Мы использовали один тип данных во всех случаях, и это просто плюс-минус – вот и все, – сказала д-р Мина. Мы используем это для клинической диагностики, для общественного здравоохранения, для принятия политических решений.

Но ответа да-нет недостаточно, – добавил он. Необходимо выявить количество вируса, которое должно определять последующие шаги в отношении инфицированного пациента. Я думаю, что отказываться от признания того, что это количественный вопрос, действительно безответственно, – сказал доктор Мина.

ПЦР тест циклически увеличивает генетический материал вируса; чем меньше циклов требуется, тем больше вируса или вирусной нагрузки в образце. Чем больше вирусная нагрузка, тем выше вероятность заражения пациента.

Количество циклов амплификации, необходимое для обнаружения вируса, называемое порогом цикла (ПЦ), никогда не включается в результаты, отправляемые врачам и пациентам с к-вирусом, хотя оно может сказать им, насколько заразен пациент.

Согласно обзору, проведенному Таймз, в трех наборах данных тестирования, которые включают пороговые значения цикла, составленных официальными лицами из Массачусетса, Нью-Йорка и Невады, до 90% людей с положительным результатом тестирования практически не имели никаких вирусов.

Согласно базе данных (журнала) Таймз, в четверг в США зарегистрировано 45,604 новых случая к-вируса. Если бы показатели заразности (применяемые) в Массачусетсе и Нью-Йорке применялись по всей стране, то, возможно, только 4,500 из этих людей, действительно нуждались бы в изоляции и отслеживании контактов.

Одним из решений может быть корректировка порога цикла, используемого сейчас, для принятия решения, насколько инфицирован пациент. Большинство тестов устанавливают предел на уровне 40 (циклов), некоторые – на 37. Это означает, что вы положительны на к-вирус, если для (получения положительного результата) теста потребовалось 40 или 37 циклов (соответственно).

По словам доктора Мины, тесты с такими высокими порогами могут обнаружить не только живой вирус, но и генетические фрагменты, остатки инфекции, которые не представляют особого риска – сродни обнаружению волос в комнате спустя долгое время после того, как человек ушел.

Любой тест с порогом цикла выше 35 является слишком чувствительным, соглашается Джульет Моррисон, вирусолог из Калифорнийского университета в Риверсайде. Я шокирована тем, что люди могут подумать, что 40 может быть показателем положительного (результата), – сказала она.

Она добавила, что более разумным порогом будет 30–35 (циклов). Доктор Мина сказал, что он использовал бы 30 или даже меньше. Эти изменения означают, что количество генетического материала в образце пациента должно быть в 100-1000 раз больше, чем текущий стандарт, для того чтобы тест дал положительный результат – по крайней мере, тот, на который стоит реагировать.

Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) в имэйле (в редакцию) заявило, что оно не устанавливает диапазоны пороговых значений цикла, используемые для определения положительных результатов, и что коммерческие производители и лаборатории устанавливают свои собственные.

CDC заявили, что изучают вероятность того, что пороговые значения цикла используются для принятия политических решений. Агентство заявило, что ему необходимо будет сотрудничать с FDA и производителями устройств, чтобы гарантировать, что тесты могут быть использованы должным образом и с уверенностью в том, что мы знаем, что они означают.

Собственные расчеты CDC показывают, что чрезвычайно сложно обнаружить любой живой вирус в образце, превышающем пороговое значение в 33 цикла. Должностные лица некоторых государственных лабораторий заявили, что CDC не просил их указывать пороговые значения или передавать их организациям по отслеживанию контактов.

Например, лаборатория штата Северная Каролина использует тест на к-вирус компании Thermo Fisher, который автоматически классифицирует результаты на основе пороговом значении в 37 циклов. Представитель лаборатории заявила, что у тестировщиков нет доступа к точным данным.

По мнению некоторых экспертов, это является огромной упущенной возможностью узнать о болезни больше.

Меня просто поразило то, что никто не упоминает значения порогового цикла всех этих тестов – что они просто выдают положительный или отрицательный результат, – сказала Анджела Расмуссен, вирусолог из Колумбийского университета в Нью-Йорке.

Было бы полезно узнать высокая или низкая вирусная нагрузка у того кто получил положительный результат, – добавила она.

Должностные лица Центра Уодсворта, лаборатории штата Нью-Йорк, имеют доступ к значениям ПЦ тестов, которые они обработали, и проанализировали эти данные по запросу журнала Таймз. В июле лаборатория выявила 794 положительных тестов при пороговом значении 40 циклов.

А вот, при пороговом значении 35 циклов примерно половина этих тестов больше не будет считаться положительными. Около 70% больше не считались бы положительными, если бы количество циклов было ограничено 30 (циклами).

В Массачусетсе от 85 до 90% людей, которые получили положительный результат теста в июле с пороговым циклом 40, были бы сочтены отрицательными, если бы порог составлял 30 циклов. Доктор Мина сказал:Я бы сказал, что ни один из этих людей не должен отслеживаться, ни один.

Другие эксперты, осведомленные об этих цифрах, были шокированы.

Я действительно шокирован тем, что их может быть так много – людей с высокими показателями ПЦ, – сказал д-р Ашиш Джа, директор Гарвардского института глобального здравоохранения. Это действительно меняет то, как мы должны думать о тестах.

Доктор Джа сказал, что он думал о проблемах ПЦР тестов, потому что они не могут масштабироваться до необходимых объемов, частоты или скорости тестирования. Но я понимаю, что действительно существенная часть проблемы заключается в том, что мы даже не тестируем людей, которых нам нужно тестировать, – сказал он.

По словам Скотта Беккера, исполнительного директора Ассоциации лабораторий общественного здравоохранения, количество людей с положительными результатами, которые не заразны, вызывает особую озабоченность.Это меня очень беспокоит только потому, что их количество такое огромное, – сказал он, добавив, что организация намеревалась встретиться с доктором Миной для обсуждения этого вопроса.

FDA отметило, что у людей может быть низкая вирусная нагрузка, когда они только что инфицированы. Тест с меньшей чувствительностью пропустит эти инфекции.

Но эта проблема легко решается, сказал доктор Мина: Протестируйте их еще раз, через 6 или через 15 часов, или что-то около этого, – сказал он. Быстрый тест быстро обнаружил бы этих пациентов, даже если бы он был менее чувствителен, потому что их вирусная нагрузка быстро возрастала.

Он и другие эксперты считают, что тесты ПЦР по-прежнему имеют значение. Например, их чувствительность является преимуществом при выявлении недавно инфицированных людей для участия в клинических испытаниях лекарств.

Но с учетом того, что в некоторых частях страны у 20% и более людей получили положительные результат теста на вирус, доктор Мина и другие исследователи ставят под сомнение возможность использования ПЦР-тестов в качестве передового диагностического инструмента.

Люди, инфицированные вирусом, наиболее заразны за день-два до появления симптомов и примерно через пять дней после этого. Но при нынешних темпах тестирования,вы не собираетесь тестировать так часто, чтобы иметь хоть какой-то шанс действительно поймать кого-нибудь в этом окне, – добавила д-р Мина.

Высокочувствительные ПЦР-тесты казались лучшим вариантом для отслеживания к-вируса в начале пандемии. Но для бушующих вспышек, сказал он, необходимы тесты на к-вирус, которые были бы быстрыми, дешевыми и достаточно многочисленными, чтобы часто проверять всех, кто в них нуждается, даже если тесты менее чувствительны.

Он может не уловить всех до одного из передающих людей, но он наверняка выявит наиболее активных носителей, включая супер-распространителей, – сказал д-р Мина.Одно это сведет эпидемию практически к нулю.

Источник: https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html